Signale kartic in čitalcev obdeluje glavna kontrolna enota. Njena naloga je verifikacija podatkov in izvajanje ustrezne akcije. Ponavadi se na posamezni kontroler lahko priključita dva čitalca. V primeru večjega sistema se kontrolerji medsebojno povezujejo in omogočajo izgradnjo kompeksnih sistemov. Pomembna lastnost kontrolerja je, da so vsi podatki zapisani v njegovem spominu. To pomeni, da sistem deluje popolnoma samostojno, brez nadzornega računalnika. Nadzorni računalnik se uporablja samo za konfiguracijo sistema, lahko pa na njemu spremljamo tekoče dogajanje. Kontrolna enota vključuje